Cem, à partida, em portugal, se a instituição for honesta (ou, mesmo não sendo, se for bem supervisionada) os activos lá depositados são sempre segregados e património autónomo. A excepção são exactamente os depósitos que não são activos financeiros mas empréstimos directos feitos pelos clientes ao banco. Outra forma de empréstimo ao banco são obrigações de todos tipos.
Acções são certamente património autónomo, teu. O banco cumpre o papel de entidade depositária cuja função é apenas a guarda de títulos e o processamento das operações relacionadas com isso (pagamentos de dividendos, stock spilts, retenção de impostos quando devidos, whatever). É para isso que pagas a comissão de guarda.
Dito isto, se o estado te decidir expropriar o que te pertence, a instituição não é tida-nem-achada. Presumo e assumo, gosto de achar que não voltaremos a ter disso neste país.
Quanto aos futuros e opções, o funcionamento terá pela lógica das coisas que ser exactamente o mesmo (como é para os estruturados emitidos por casas terceiras em que o teu banco apenas coloca): o teu risco é o risco emitente. Confesso que nunca investiguei detalhadamente como funcionam em termos de garantias e de estrutura de emissão, logo, estou a seguir a lógica apenas, não tomes a minha opinião como sendo uma regra ou uma "certeza teórica". Por outro lado, os bancos fazem regularmente contratos de swaps com os seus clientes e confesso que não sei como seria regulado em caso de falência. Terei que perguntar e investigar.
Num estruturado, se parte da estrutura for feita pelo teu banco (imagina que é a soma de um instrumento de taxa para garantir o capital ou parte do capital e uma opção de terceiros), o teu risco será de ambas as contra-partes. Num fundo mobiliário do banco em causa (BES qqcoisa/BCP qqcoisa/BPI qqcoisa/santander qqcoisa): a liquidez lá contida corre risco em caso de falência (imagina que num dado dia o fundo tem 15 em liquidez depositada no próprio banco e o banco estoira - esses 15% voam igualmente). Imagina também que dentro da composição do fundo, o teu banco se lembrou de meter títulos obrigacionistas ou accionistas do grupo. Essa parte fica em risco.
Se a tua conta estiver nos estados unidos, não te sei responder como funcionam as regras. Mais uma vez, presumo que sejam no mínimo tão exigentes e que a lei obrigue à separação dos activos das instituições dos activos dos clientes e o sistema está certamente mais bem oleado que na Europa porque, enquanto na Europa há pouca experiência de gestão de falências de bancos, isso acontece com regularidade nos estados unidos. Até em casos de fraude eles parecem funcionar bem (vide caso madoff em que houve recuperação - tanto quanto sei - de grande parte dos montantes em causa desfazendo "rolos" de operações fraudulentas e repondo parte da "justiça" possível dentro do descalabro).
Não sei se acrescentei o que quer que fosse de informação nova, temo que não...

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